Средневековая история и археология Фанагории изучена крайне недостаточно. Это обстоятельство связано как со скудостью письменных источников, так и с ограниченным объемом исследований слоев средневекового времени на городище и некрополе. В последние годы Фанагорийская экспедиция Института археологии РАН в содружестве с Музеем-заповедником «Фанагория» предпринимает большие усилия по исправлению этой ситуации. На нижнем плато городища начаты археологические исследования на большой площади в 2000 м2 (раскоп «Нижний город»), которые дают возможность изучать слои V–IX вв. Их мощность достигает четырех метров. К настоящему моменту уже получены важные результаты, которые, в частности, позволяют разделить средневековую историю Фанагории на два больших периода – византийский (V – середина VI вв.) и «хазарский» (последняя треть VII – конец IX вв.). Основным критерием для такого деления служит катастрофа, которая постигла город в промежутке между 545 и 554 гг. О ней сообщает Прокопий Кесарийский (De Bello Goth. VIII. 5), и подтверждение этому мы находим в археологических и нумизматических данных. В частности, в огне пожара погибла древнейшая на территории России синагога, просуществовавшая до этого в течение полутысячи лет. В результате тотального разрушения город прекратил свое существование более чем на сто лет. Жизнь в нем возобновилась только в последней трети VII в. С этого времени в Фанагории заметно усиливается влияние Хазарского каганата, что сказывается и на материальной культуре, в том числе в использовании новой строительной техники – opus spicatum (кладка «елочкой»). Фанагория погибает в результате вражеского нападения примерно на рубеже IX и X веков.
Abramzon, M.G., Ostapenko, S.N. 2019: [Solidus of Justinian I from the 6th Century Fire Layer in Phanagoria]. In: V.D. Kuznetsov (ed.), Hypanis, Trudy Otdela Klassicheskoy Arkheologii IA RAN [Hypanis, Proceedings of the Department of Classical Archaeology IA RAS]. Vol. I. Moscow, 28–32.
Абрамзон, М.Г., Остапенко, С.Н. Солид Юстиниана I из слоя пожара VI века в Фанагории. В сб.: В.Д. Кузнецов (ред.), Hypanis, Труды отдела классической археологии ИА РАН. Т. 1. М., 28–32.
Abramzon, M.G., Ostapenko, S.N. 2023: [A Purse with Bosporan Staters from the Sixth Century Fire Layer in Phanagoria]. Kratkie Soobshcheniya Instituta Arkheologii [Brief Communications of the Institute of Archaeology] 270, 250–257.
Абрамзон, М.Г., Остапенко, С.Н. Кошелек с боспорскими статерами из слоя пожара VI в. в Фанагории. КСИА 270, 250–257.
Atavin, A.G. 1988: [Medieval Phanagoria and Its Place Among Simultaneous Sites of North Black Sea Coast]. In: G.G. Litavrin (ed.), Slavyane i ikh sosedi [Slavs and Their Neighbours]. Moscow, 21–23.
Атавин, А.Г. Средневековая Фанагория и ее место среди одновременных памятников Северного Причерноморья. В сб.: Г.Г. Литаврин (отв. ред.), Славяне и их соседи. М., 21–23.
Atavin, A.G. 1992: [Polished Ceramics of Medieval Phanagoria]. In: Ya.M. Paromov (ed.), Bosporskiy sbornik [Bosporan Collection] 1, 173–211.
Атавин, А.Г. Лощеная керамика средневековой Фанагории. В сб.: Я.М. Паромов (ред.), Боспорский сборник 1, 173–211.
Atavin, A.G. 1993: [Red Slip Ceramics of the Fourth – Sixth Centuries from Phanagoria]. Bosporskiy sbornik [Bosporan Collection] 2, 149–171.
Атавин, А.Г. Краснолаковая керамика IV–VI вв. н.э. из Фанагории. Боспорский Сборник 2, 149–171.
Blavatsky, V.D. 1940: [Excavations at Phanagoria in 1938–1939]. Vestnik drevney istorii [Journal of Ancient History] 3–4, 287–300.
Блаватский, В.Д. Раскопки в Фанагории в 1938–1939 гг. ВДИ 3–4, 287–300.
Blavatsky, V.D. 1941: [Excavations at Phanagoria in 1940]. Vestnik drevney istorii [Journal of Ancient History] 1, 220–222.
Блаватский, В.Д. Раскопки в Фанагории в 1940 г. ВДИ 1, 220–222.
Chkhaidze, V.N. 2012: Phanagoria in VI–X Centuries. Moscow.
Чхаидзе, В.Н. Фанагория в VI–X веках. М.
Dan’shin, D.I. 1993: [Phanagorian Community of Jews]. Vestnik drevney istorii [Journal of Ancient History] 1, 59–72.
Даньшин, Д.И. Фанагорийская община иудеев. ВДИ 1, 59–72.
Dobrovol’skaya, M.V., Svirkina, N.G. 2018: Zhiteli antichnoy Fanagorii (rekonstruktsiya obraza zhizni po paleoantropologicheskim materialam) [Antique Phanagoria Inhabitants (Reconstruction of Lifestyle According to Paleoanthropological Materials)]. Moscow.
Добровольская, М.В., Свиркина, Н.Г. Жители античной Фанагории (реконструкция образа жизни по палеоантропологическим материалам). М.
Dolgorukov, V.S. 1975: [Investigations in the Coastal Part of Phanagoria in 1971–1972]. Kratkie Soobshcheniya Instituta Arkheologii [Brief Communications of the Institute of Archaeology] 143, 54–60.
Долгоруков, В.С. Исследования Береговой части Фанагории в 1971–1972 гг. КСИА 143, 54–60.
Flyorov, V.S. 2011: “Goroda” i “zamki” Khazarskogo kaganata. Arkheologicheskaya real’nost’ [“Cities”and “Castles” of Khazarian Kaganate. Archaeological Reality]. Moscow–Jerusalem.
Флеров, В.С. «Города» и «замки» Хазарского каганата. Археологическая реальность. Москва–Иерусалим.
Ginouvès, R., Martin, R. 1985: Dictionnaire méthodique de l’architecture grecque et romaine. T. I. Matériaux, techniques de construction, techniques et formes du décor. Roma.
Golofast, L.A. 2021: [Phanagoria in the 4th–7th Centuries (Written Sources and Archeological Data)]. In: V.D. Kuznetsov (ed.), Hypanis, Trudy Otdela Klassicheskoy Arkheologii IA RAN [Hypanis, Proceedings of the Department of Classical Archaeology IA RAS]. Vol. III. Moscow, 42–57.
Голофаст, Л.А. Фанагория IV–VII вв. по сведениям письменных источников и данным археологии. В сб.: В.Д. Кузнецов (ред.), Hypanis, Труды отдела классической археологии ИА РАН. Т. 3. М., 42–57.
Golofast, L.A. 2022: [Christianity in Phanagoria. Archaeological Evidence]. In: V.D. Kuznetsov (ed.), Hypanis, Trudy Otdela Klassicheskoy Arkheologii IA RAN [Hypanis, Proceedings of the Department of Classical Archaeology IA RAS]. Vol. IV. Moscow, 69–106.
Голофаст, Л.А. Христианство в Фанагории. Археологические свидетельства. В сб.: В.Д. Куз- нецов (ред.), Hypanis, Труды отдела классической археологии ИА РАН. Т. 4. М., 69–106.
Hachlili, R. 1988: Ancient Jewish Art and Archaeology in the Land of Israel. (Handbuch der Orientalistik. Abteilung 7: Kunst und Archäologie). Leiden–New York–København–Köln.
Kobylina, M.M. 1950: [Excavations at Phanagoria]. Kratkie Soobshcheniya Instituta Istorii Material’noy Kul’tury [Brief Communications of the Institute of the History of Material Culture] 33, 89–95.
Кобылина, М.М. Раскопки Фанагории. КСИИМК 33, 89–95.
Kobylina, M.M. 1951: [Excavations at Phanagoria]. Kratkie Soobshcheniya Instituta Istorii Material’noy Kul’tury [Brief Communications of the Institute of the History of Material Culture] 37, 232–237.
Кобылина, М.М. Раскопки Фанагории. КСИИМК 37, 232–237.
Kobylina, M.M., Dolgorukov, V.S. 1974: [Excavations at Phanagoria]. In: B.A. Rybakov (ed.), Arkheologicheskie Otkrytiya 1973 goda [Archaeological Discoveries 1973]. Moscow, 111–113.
Кобылина, М.М., Долгоруков, В.С. Раскопки Фанагории. В сб.: Б.А. Рыбаков (ред.), Археологические открытия 1973 года. М., 111–113.
Kuznetsov, V.D. 2016: [An Early Middle Age House from Phanagoreia]. Drevnosti Bospora [Bosporus Antiquities] 20, 308–319.
Кузнецов, В.Д. Раннесредневековый дом в Фанагории. Древности Боспора 20, 308–319.
Kuznetsov, V.D., Golofast, L.A. 2010: [Khazar Period Houses in Phanagoria]. Problemy Istorii, Filologii, Kul’tury [Journal of Historical, Philological and Cultural Studies] 1, 393–429.
Кузнецов, В.Д., Голофаст, Л.А. Дома хазарского времени в Фанагории. ПИФК 1, 393–429.
Kuznetsov, V.D., Ostapenko, S.N. 2019: [Urbanistics and Domestic Building of Medieval Phanagoria]. Problemy Istorii, Filologii, Kul’tury [Journal of Historical, Philological and Cultural Studies] 1, 153–170.
Кузнецов, В.Д., Остапенко, С.Н. Урбанистика и домостроительство средневековой Фанагории. ПИФК 1, 153–170.
Pletneva, S.A. 1999: Ocherki khazarskoy arkheologii [Essays on Khasarian Archaeology]. Moscow–Jerusalem.
Плетнева, С.А. Очерки хазарской археологии. Москва–Иерусалим.
Pletneva, S.A. 2003: [Phanagoria]. In: T.I. Makarova, S.A. Pletneva (eds.), Krym, Severo-Vostochnoe Prichernomor’e i Zakavkaz’e v Epokhu Srednevekov’ya [Crimea, North-Eastern Pontic Area and Transcaucasia in the Middle Ages]. Moscow, 179–183.
Плетнева, С.А. Фанагория. В кн.: Т.И. Макарова, С.А. Плетнева (ред.), Крым, Северо- Восточное Причерноморье и Закавказье в эпоху средневековья. М., 179–183.
Rassalle, T. 2021: Coin Deposits from Ancient Synagogues in Late Antique Palestine. PhD thesis. Chapel Hill.
Vassal, V. 2006: Les pavements d’opus signinum. Technique, décor, fonction architecturale. (BAR International Series, 1472). Oxford.